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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已提示出广泛应用的生物体活性酶，还包括抗良性肿瘤和抗病力毒使用。大多数，三萜是用甲羟戊酸方式生成的，并从先天作物和真菌感染中生成。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上公布了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的设计开题报告。该设计知道三萜类有机物虫草酸（GA）是在液态体提升的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的海洋生物体生成会有的。经由转录组和蛋白酶酶质组学技木进每一步科学探索无柄虫草粉菌丝体中DHT会有二者虫草粉酸（GA）的机制化，并给出两组学技木查重到的的地域差异什么是基因和的地域差异蛋白酶酶，预测未来DHT 海洋生物体组成 GA 的方法。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和基本功能种类

凭借对无柄野生灵芝真菌感染菌丝体实现转录组测序共实现67230个转录本和1429八个单染色体。在某些单染色体中，494个被签别为文化差异表现染色体（DEGs），进来213个表现上浮，279个表现下跌（图1A）。GO含有解析后，DEGs分生物学的具体步骤（BP）、生殖生殖细胞营养成分（CC）和分子式功能键（MF）3类。在BP行业类型中，显示了前五个子行业类型：四环素被分解转换成分泌的具体步骤，乙酸盐分泌的具体步骤和甲酸盐分泌的具体步骤 ;而在CC行业类型中，生殖生殖细胞外区、突触塑料体、突触设备构造是前五个亚类。对待MF行业类型，甲酸脱氢酶（NAD）活性酶类酶氧、空气氧化修复酶活性酶类酶氧和酸氨（或酰胺）相连酶活性酶类酶氧是前五个亚行业类型（图1B）。在DEGs的KEGG径路解析中，前30条含有度较高的径路含有27条归属分泌，进来丁烷分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐分泌、丙酸盐分泌4g信号径路有效含有（图1D）。

图1|转录混合物析和性能划分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

用对无柄灵芝粉念珠菌菌丝体敲定血清酶酶质组学定性研究，至少敲定了16,457种独具特色肽、2606种血清酶酶质和2588种按量血清酶酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的需求经济条件下，在那2606种血清酶酶质中，94种被检测为不同之处抒发爱血清酶酶（DEPs），里面52种上浮，42种调低（图2A），图2C现示了不同之处抒发爱血清酶酶的聚类算法定性研究热图。从GO定性研究看来，BP类现示，大多都数DEPs经过冰醋酸盐新陈排泄操作时、抗菌药定量分折新陈排泄操作时和肿瘤药物定量分折新陈排泄操作时。CC类DEPs在组织神经血细胞系外区、过阳极氮化合物酶体和微体中占百分比最底，阳极防氧化恢复酶几丁质酶和甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶在MF类中DEPs的百分比最底（图2B）。与转录组然而类似的，KEGG径路定性研究现示，多数DEPs在新陈排泄中怪物制品怪物制品富集，里面3条最怪物制品怪物制品富集的方法是光合怪物制品中的碳稳定、碳新陈排泄和MAPK走势径路（图2D）。另外，用定性研究GO数据统计库的CC对DEPs敲定亚组织神经血细胞系市场定位定性研究和注解（图2E），DEPs主耍地理分布在组织神经血细胞系质（40.66%）、组织神经血细胞系膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论与实践上是GAs怪物制品聚合的主耍地位。

图2|球胆固醇组的定量剖析剖析和系统认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物图片转换和对应组侯选人DEGs和DEPs设计了维恩图，有20个相互影响表明什么是遗传基因遗传（图3A）。对转录组和膳食纤维质组中E组和C组共要的DEGs/DEPs展开聚类剖析剖析，察觉到mRNA和膳食纤维质中有15-7个调整什么是遗传基因遗传和5-7个下降什么是遗传基因遗传，DEGs前者汉语翻译的DEPs表明标准呈正涉及，基本概念Pearson的涉及因子剖析，在转录组和膳食纤维质组中检测工具到比较较高的涉及性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）测量毕竟呈现，E组和C组16个DEGs的表答层次对比分析强势，另外9个为上涨DEGs，3个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表答趋势分析与转录成分析毕竟相一致。

图3|淀粉酶质组的降钙素原检测具体分析和职能认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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