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首页 > 拜谱生物 > 干货分享 > 网络数据药理学学揭露草酸钙肾结石氧化的应激状态和发炎挫伤规则

网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿机体统最易见的问题产品之一。肾组织机构中CaOx单晶体过饱和状态成型会使得肾小管受损细胞破损和凋亡,因此使得肾结石的成型。短链油脂含量酸由肠管内厌氧发哮菌类发哮饮食营养纤维材料行成,不光在局部位肠管天然屏障中表现角色,况且在机体统程度上也表现关键点角色。在其中,丁酸是最很多的短链油脂含量酸,兼备免疫细胞限制和免疫细胞限制角色,本的研究研讨丁酸对CaOx肾结石的角色名词解释自身靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山专科医院泌尿五官科吴忠教援、周子健博士生于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠教受、周子健研究生在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱菌物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了数据网络药理学学的服务,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

篇文章品牌:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 客服公司:华山医生 科研关键字:大鼠、HK-2人体细胞 排列产品信息:差表组(Con)、型号组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱具备枝术:网络数据药理学学在线检测

想法程序流程图图

探析毕竟

科研技术人员关键在于构造 大鼠型号,能够 身理生物化技术指标和安排病理学学脱色等科研手法看见丁酸就可以减掉CaOx型号大鼠肾CaOx单晶体的型成和挫伤,调理CaOx型号大鼠的感染挫伤和氧化的物材料的适度把你想表达出来。不仅,丁酸还可可以抑制草酸诱惑的HK-2受损肿瘤细胞挫伤、氧化的物应激状态和受损肿瘤细胞凋亡。 为探究性丁酸组成和靶什么是遗传人类dna组遗传网,探究师从PubChem获得丁酸和丁酸酯的二维和三维图像组成(图1A)。完成PharmMapper统计资料库和Uniprot统计资料库工作后共选择出115个丁酸靶什么是遗传人类dna组遗传供进的一步阐述。将什么是遗传人类dna组遗传目录倒入STRING统计资料库,进行PPI网阐述。Cytoscape做出了去重复的前20的核心区靶什么是遗传人类dna组遗传的具体网图,其中包括CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。这么多核心区什么是遗传人类dna组遗传与网中的各种什么是遗传人类dna组遗传均体现出需要的极其必要性性,说明怎么写这么多什么是遗传人类dna组遗传也许发挥做用角色着推进角色。GO和KEGG阐述揭露了丁酸核心区什么是遗传人类dna组遗传的极其必要性条件和菌物学功能键(图1C)。核心区什么是遗传人类dna组遗传大部分与类固醇雄激素药回复、防阳极氧化应激状态反响回复、活性氧酶类氧细胞膜对类固醇雄激素药刺激性的反响并且 对弱酸性有机化学杂质的反响相关联。笔者认为根据上述,这么多核心区什么是遗传人类dna组遗传大部分进入了防阳极氧化应激状态反响和对活性氧酶类氧的菌物反响流程,是肾结石型成新机制中至关极其必要的条件,这证明丁酸也许在肾结石中发挥做用角色极其必要角色。

图1| 丁酸设计与靶染色体线上进行分析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进一歩打磨丁酸对CaOx肾结石确凿切靶表观遗传,理论调查者采取GEO数值库对GSE73680中营养差表与CaOx肾结石病号的表观遗传差距来了理论调查。差表组与CaOx结石病号的更为明显性性能差距展示表观遗传(DEGs)DNA遗传检测规定为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共需求到3783个表观遗传遭受更为明显性发展,表中3379个(89.4%)表观遗传展示调涨,404个(10.6%)表观遗传展示调整(图2A)。对DEGs来聚类分析法数据资料分析数据资料分析,热图体现了前10个被选中DEGs的二维层次结构聚类分析法数据资料分析显著特点(图2B)。最后,理论调查者凭借GeneCards数值库人工客服亲子鉴定了370个可能性与CaOx肾结石想关的表观遗传,网站排名前20位的预测分析表观遗传下列关于想关性评价如下图2C一样。想要寻到丁酸调理CaOx肾结石的要素靶点,理论调查者将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石想关表观遗传操作得出了个Venn图。最终能够,CYP2C9被选择为丁酸影晌CaOx肾结石的自身靶点(图2D)。不仅而且,理论调查者还来了丁酸与CYP2C9的原子连接,CYP2C9的6个酪氨酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸共同做用,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在借助系统临床药理学预测分析CYP2C9是丁酸决定CaOx肾结石的靶染色体后,调查成员还确认上皮组织实验英文验证了CYP2C9可影响草酸帮助的HK-2上皮组织的ROS平行、感染直接损伤和凋亡。

图2| 许多据库合力数据分析分析CYP2C9是丁酸的功效于CaOx肾结石的靶遗传基因

钻研結果

本深入分析应当发掘丁酸在身体外和身体里均能限制CaOx肾结石沙盘模型的硫化物应激反应状态和支原体感染伤害,后来利用wifi网络信息药剂学学学淘汰能够丁酸不良影响CaOx肾结石的存在靶点——CYP2C9,第四利用上皮细胞膜进行实验可确认CYP2C9在草酸盐引发的HK-2上皮细胞膜ROS情况、支原体感染伤害和凋亡。某些发掘证实丁酸也许 利用限制CYP2C9来限制CaOx肾结石的硫化物应激反应状态,消除支原体感染伤害。此种期间中拜谱生物制品工程保证了wifi网络信息药剂学学学工艺贴心业务,不仅如此拜谱生物制品工程可增强成熟期全面的DNA组学、血清质组学、消化吸收组学等几组学厂品及工艺贴心业务,欢迎会拨打电话咨询服务! 参阅毕业论文:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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